Бруклин 9-9 — это история о том, как в самом непредсказуемом полицейском участке Нью-Йорка появляется новый капитан Рэймонд Холт, человек с лицом из гранита и железными принципами. Его главным испытанием становится не борьба с преступностью, а общение с гением сыска Джейком Перальтой, который предпочитает раскрывать дела с помощью отсылок к поп-культуре и детской непосредственности. Их столкновение мировоззрений задает тон всему сезону, где хэллоуинское пари о лучшем детективе и вечеринка у капитана, раскрывающая его неожиданные стороны, оказываются не менее важными, чем поимка преступников.
Между делом в личной жизни героев царит полный хаос. Преданный Чарльз Бойл получает пулю в самое незащищенное место, спасая коллегу, а Джейк, выиграв спор, внезапно осознает, что его соперничество с педантичной Эми Сантьяго давно переросло в нечто большее. Это открытие совпадает с появлением в жизни Эми старого знакомого, что заставляет Перальту впервые столкнуться с муками ревности. Сезон завершается неожиданным поворотом, когда Джейку поручают опасную операцию под прикрытием, оставляя зрителя в размышлениях о будущем этого странного, но сплоченного отдела.